Entre 1998 y 2001, en reemplazo de la Supercopa Sudamericana, se disputaron la Copa Mercosur, que nucleaba a los clubes pertenecientes a los paises sudamericanos pertenecientes al cono sur: Argentina, Brasil, Chile, Uruguay y Paraguay, y paralelamente la Copa Merconorte disputada por clubes de Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela y a la que posteriormente se sumaron clubes de Estados Unidos, México y Costa Rica.
Los campeones de la Mercosur fueron tres equipos brasileños: Palmeiras, Flamengo y Vasco Da Gama, y uno argentino: San Lorenzo de Almagro.
La primera edición de la Copa Mercosur fue en 1998 y participaron River Plate, Boca Juniors, Racing Club, Independiente, San Lorenzo de Almagro, Vélez, San Pablo, Cruzeiro, Corinthians, Flamengo, Vasco da Gama, Gremio, Palmeiras, Universidad de Chile, Colo Colo, Universidad Católica, Nacional, Peñarol, Olimpia y Cerro Porteño.
Los finalistas fueron Palmeiras -que venía de dejar en el camino a Olimpia en semifinales- y Cruzeiro que se eliminó a San Lorenzo. Palmeiras resultó ganador luego de ganarle 3 a 1 en la segunda vuelta y 1 a 0 en el tercer partido. Cruzeiro había ganado 2 a 1 en el primer partido.
En 1999 intervinieron Boca Juniors, Independiente, Racing Club, River Plate, San Lorenzo, Vélez Sarsfield, Corinthians, Cruzeiro,Flamengo,Grêmio, Palmeiras, São Paulo,Vasco da Gama, Colo-Colo, Universidad Católica,Universidad de Chile, Cerro Porteño, Olimpia, Nacional y Peñarol.
En la fase de grupos, cabe destacar que cuando se enfrentaron River Plate y Cruzeiro no solo era válido por la Mercosur, sino que también era válido por la Recopa Sudamericana que debían de 1998. Cruzeiro ganó 2 a 0 en la ida y 3 a 0 en la vuelta.
Flamengo fue el campeón tras ganar 4 a 3 en la ida y haber empatado en la vuelta.
En 2000 se disputó la tercera edición y participaron, por Argentina, Boca Juniors, Independiente, River Plate, Rosario Central, San Lorenzo y Vélez Sarsfield; por Brasil Atlético Mineiro,Corinthians,Cruzeiro, Flamengo,Palmeiras,São Paulo y Vasco da Gama. Colo-Colo,Universidad Católica y Universidad de Chile fueron los representantes chilenos, mientras que Cerro Porteño y Olimpia fueron los de Paraguay. Los uruguayos fueron Nacional y Peñarol.
Vasco Da Gama fue el primer finalista luego de eliminar a River Plate ganándole 4 a 1 en la ida y 1 a 0 en la vuelta, mientras que Palmeiras fue el otro, tras derrotar a Atletico Mineiro 4 a 1 en el primer partido y 2 a 0 en la revancha.
En la primera final, Vasco Da Gama ganó 2 a 0 pero Palmeiras ganó 1 a 0 en la revancha, forzando un tercer partido en el que Vasco Da Gama se impuso 4 a 3.
La última edición se disputó en 2001 y San Lorenzo fue el único equipo no brasileño en llegar a la final y ganar el trofeo luego de derrotar a Flamengo por penales, luego de dos empates -0 a 0 en la ida y 1 a 1 en la vuelta- .El partido revancha se jugó recién en el 2002,ya que el encuentro estaba programado para el 19 de diciembre de 2001 pero el estallido social en la Argentina, -producto de la crisis política, social y económica que hubo en esos días conocido como “el Argentinazo" - hizo que el cotejo se suspendiera en la fecha pautada. Los otros participantes eran Boca Juniors, Independiente, River Plate, Talleres de Córdoba, Vélez Sarsfield, Corinthians, Cruzeiro, Grêmio, Palmeiras, São Paulo, Vasco da Gama, Colo-Colo, Universidad Católica, Universidad de Chile, Cerro Porteño, Olimpia, Nacional y Peñarol.
En la Copa Merconorte los campeones fueron todos equipos colombianos. El Atlético Nacional de Medellín ganó en dos ocasiones (1998 y 2000), América de Cali se hizo una vez con el trofeo en 1999, mientras que Millonarios fue el campeón de la última edición en 2001.
En la primera edición en 1998 cuatro equipos eran de Colombia (América de Cali, Atlético Nacional, Deportivo Cali y Millonarios), tres eran de Perú (Alianza Lima, Sporting Cristal y Universitario), tres de Ecuador (Barcelona SC, El Nacional y Emelec), uno de Venezuela (Caracas FC) y The Strongest que era de Bolivia.
Los finalistas de esta primera edición fueron Deportivo Cali que eliminó a El Nacional de Quito y Atlético Nacional de Medellín (que venía de eliminar a Millonarios y en la final Atlético Nacional de Medellín) y que fue el ganador luego de que derrotara al Deportivo Cali 3 a 1 de local y 1 a 0 de visitante.
En 1999 participaron América de Cali, Atlético Nacional, Independiente Santa Fe y Millonarios por Colombia; por Ecuador Barcelona SC, El Nacional y Emelec; por Perú Alianza Lima, Sporting Cristal y Universitario, Caracas FC de Venezuela y The Strongest representó a Bolivia.
Luego de que en semifinales América de Cali dejara en camino a Alianza Lima, y después de que Independiente Santa Fe eliminara al Caracas, América resultó el ganador del torneo tras imponerse ante Santa Fe 2 a 1 en la ida y 1 a 0 en la revancha.
La edición de 2000 incluyó por primera vez a equipos de la CONCACAF. Intervinieron por México Chivas de Guadalajara, Necaxa, Pachuca y Toluca, mientras que por el lado de Costa Rica tuvo como representante a Alajuelense. Los otros participantes fueron América de Cali, Atlético Nacional y Millonarios por Colombia; Barcelona SC, El Nacional y Emelec por Ecuador. Por Perú Alianza Lima, Sporting Cristal y Universitario, Estudiantes De Mérida fue el representante de Venezuela y Oriente Petrolero por Bolivia.
Luego de que empataran 0 a 0 en la ida, Atlético Nacional de Medellín -que eliminó en semifinales a Chivas de Guadalajara- venció 2 a 1 a Millonarios- que había dejado afuera a Emelec- consagrándose campeón de la tercera edición.
La última edición fue en 2001 y se sumaron dos equipos de los Estados Unidos (Kansas City Wizards y MetroStars de Nueva York) . Los otros participantes fueron Chivas de Guadalajara, Necaxa y Santos Laguna de México; Aucas, Barcelona SC y Emelec de Ecuador; Alianza Lima, Sporting Cristal y Universitario de Perú; América de Cali, Atlético Nacional y Millonarios de Colombia; Deportivo Italchacao de Venezuela y Blooming de Bolivia.
Emelec fue el único equipo que no era colombiano que jugó una final de la Merconorte luego de eliminar al Santos Laguna, mientras que Millonarios dejó afuera en semifinales a Necaxa. En la final Millonarios se impuso en los penales luego de que empataran ambos partidos 1 a 1 y así se adjudicó la última edición del torneo.
La Conmebol sancionó a Chivas expulsándolo de la competición y dándole por perdidos los partidos restantes luego de que se negaran a jugar un partido en Nueva York ante MetroStars alegando motivos de seguridad (hacía muy poco tiempo que habían sucedido los atentados del 11 de septiembre).
Luego de la disputa de la última edición tanto la Copa Mercosur como la Merconorte dejaron de disputarse, y a partir de 2002 empezó a realizarse la Copa Sudamericana hasta hoy.